Recipe 与 Tool Catalog 预览

Catalog 是生信步骤、准入工具、命令模板、输出 schema 和 runtime container 的正式边界。当前页面用 RNA-seq DEG 示例解释目录契约；工作台和历史页会展示这些边界如何约束 Plan、IR 和 WDL。

运行 RNA-seq 示例

RNA-seq DEG recipe

静态 recipe 示例

fastp 质控

必需步骤

Salmon 定量

必需步骤

tximport 汇总

必需步骤

DESeq2 差异分析

必需步骤

MultiQC 报告

必需步骤

已准入工具

静态 tool 示例

fastp

catalog-approved

e2e-validated

读段质量控制

quay.io/biocontainers/fastp

salmon

catalog-approved

e2e-validated

转录本定量

quay.io/biocontainers/salmon

tximport

catalog-approved

e2e-validated

基因层面汇总

项目维护镜像

deseq2

catalog-approved

e2e-validated

差异表达分析

项目维护镜像

multiqc

catalog-approved

e2e-validated

质控报告汇总

项目维护镜像

Catalog 页面边界

页面只解释 Catalog 契约；工具选择、命令模板和容器来源仍由后端 Catalog 约束。

查看 API 契约

schema

inputs、outputs、parameters 和 command templates 都是显式定义。

runtime

编译后的 WDL 使用 catalog 声明的 container。

admission

catalog-approved 只表示工具已进入正式 Catalog。

verification

执行状态独立显示为 unverified、smoke-tested 或 e2e-validated。

当前已实现

展示 RNA-seq recipe steps、Catalog 准入、runtime 和独立 execution verification 状态。

API contract

`/api/recipes` 和 `/api/tools` 保留为 Catalog 查询入口；前端不推断或替换工具定义。