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Workflow 工作台
W4 初版
当前已可提交 RNA-seq 结构化示例 run，轮询 snapshot，并显示 run 状态、WDL 摘要和校验结果。SSE 时间线与完整 Plan / IR / WDL / Diagnostics tabs 会在后续切片接入。
请求输入
运行按钮会提交结构化 Recipe Tool Plan 示例；前端不生成 IR 或 WDL。
RNA-seq 示例
构建一个 bulk RNA-seq 差异表达分析工作流，输入多个样本的 paired-end FASTQ 文件。每个样本先运行 fastp 做读段质控，再用 Salmon 做转录本定量，随后通过 tximport 汇总到基因层面，用 DESeq2 完成差异表达分析，并返回 MultiQC 质控报告。
预期 recipe steps
fastp 质控
Salmon 定量
tximport 汇总
DESeq2 差异分析
MultiQC 报告
Run 时间线
当前展示目标事件结构；下一切片会从持久化 SSE event envelope 实时更新。
SSE 待接入
需求输入
request
展示自然语言请求和预期 recipe steps
结构化规划
planner
预留 Recipe Tool Plan review 位置
IR 标准化
normalizer
预留 Workflow IR 审阅位置
静态分析
analyzer
展示 Analyzer 诊断和保守修复记录
WDL 渲染
renderer
展示确定性 Renderer 生成的 WDL
语法校验
checker
展示 WOMtool 或 miniwdl 校验结果
结构化产物
当前先固定产物区的信息架构，并在运行卡片中读取同一次 run 的 WDL 与 diagnostics 摘要。 完整 Plan、IR、WDL 和 Diagnostics tabs 会在后续切片接入。
Plan
Recipe Tool Plan
IR
Workflow DAG 契约
WDL
生成的 WDL 1.0
Diagnostics
Analyzer 与 checker 输出
编译契约
{
"recipe": "rnaseq_differential_expression",
"tool_calls": ["fastp", "salmon", "tximport", "deseq2", "multiqc"],
"target": "Workflow IR -> WDL 1.0"
}诊断信息入口
分析错误 (analysis_errors)
等待完整 tabs 接入
修复记录 (repair_actions)
等待完整 tabs 接入
校验信息 (validation_message)
等待完整 tabs 接入